Ramachandran térkép - Referencia vegyész 21
Kémia és Vegyészmérnöki
Ezeket a kártyákat gyakran nevezik kártyák Ramachandran. és - glicin kártyát, amelynek nincs oldallánca. minta felhasználásával kemény gömbök normál és alsó határoló (---) érintkező térköz. privedeinymn táblázat. 2.1. Egyes területeken, azonosítja a tiltott kapcsolatokat. Jelölések atomok ábrán mutatjuk be. 2.2. b - aminosavak kártyát. tartalmazó atom, felhasználásával épül fel, ugyanazt a modellt a kemény gömbök. Jobb oldali ábrán látható konformációját és spiraln-P-redőzött lap N kollagén. Jelzett sztérikus gátlás. által okozott atom, egy nagy terület, amely csökkenti glntsina az említett ua ábra kisebb területen. Három engedélyezett terület nevezik - a jobb oldali spirál, és a környékén az ikonra, Al - a bal-hélix régió (0, 1))) (L-60 -1-60) e - hosszúkás lánc. A terület körül a p ikon. Feltételezve, hogy a modellt a kemény gömbök (- - - --- normál sugarak sugarak megfelelő alsó határértékeket) meghatározott területen megengedett poli-L-számok-alaiina. A konformációt ábrán látható. 2.6, kijelölt x, konformációt megfelelő poli-L-proliiu I (teljesen cisz) jelöli, x, bekarikázott. [C.31]
Backbone diéderes szögeinek maradékot 13, körülbelül 2500 fehérjék [30]. Ez a kártya néha Ramachandran térképet. [C.32]
Grafikailag a konformációs paramétereit polipeptidláncba kényelmesen képviselők kártyákkal által kínált G. Ramachaidra úr 1963 (Ramachandran térkép), és tükrözi az erőviszonyokat és függőség a paramétereket (ábra. 36). szög értékek ((és ábrázoltuk a tengelyek a -180 és +180 a kölcsönhatás erősségét közötti képviselők a peptidlánc szögek, és nem veszi bármely értéket -., hogy megengedték maguknak csak néhány diszkrét területek (látható a sötétebb színű a térképen), amelyek megfelelnek az energetikailag kedvező konformációja a peptid láncban. t. e. lényegében, azok a területek, minimális energia. azok meglehetősen kompakt lokalizációs azt sugallja, hogy a szögek és a I- egymással összekapcsolt, a változás az egyikük vezet a második változás. például Emer, ha ip szög érték lesz, amely a tartományban 60 - I20, akkor a szög energetikailag kedvező érték nem nagyobb, mint - 60 „[c.87].
Megvalósult ilyen körülmények között a fehérje konformációjára és peptid határozza meg összessége ezen kölcsönhatások és a leginkább energetikailag kedvezőbb. ami tükröződik a sarkaiból elérje a megengedett területen koiforma-tsioinyh Ramachandran térképeket. [C.91]
I5 0 ° felel meg egy energia valamivel magasabb, mint 1 kcal / mol, és így, teljesen elfogadható (Ramachandran, ami e régióban tilos, de néhány kísérleti pontokat abban található). Által határolt térben a kontúr 1 kcal / mol, elfoglalja 60% kártya, míg a régió tartozékait szélsőséges határok, a borító 61% a tér (p, n]). Már a legkisebb energia formájában csavart, hogy egy adott [c.372]
Korlátozza a konformációs mobilitása peptidek viszonylag kicsi - ők a lehető keretében energetikailag engedélyezett terület látható Ramachandran térképek (lásd razd.1.4.2.). Konformációs változások aktív tsent- [c.285]
Konformációjú ligandumokat megfelelnek a megengedett területek szögek F és F térképek Ramachandran (sze tabl.70 és 7. ábra). Észrevehető különbség. figyelhető meg a konformációs oldalláncok. de a különbség az energiák ezen alakja ismert általában kicsi. Így, az aromás gyűrű formiltriptofana kötődés hatására elfordul körülbelül 60 ° képest optimális koncentrációjának [c.286]