Számítások rendszerek hidrogénkötések
Home | Rólunk | visszacsatolás
A kiszámított energiája hidrogénkötések (kJ / mól) [64]
A [64], kísérlet történt, hogy használja a betétek a tanulmány reaktivitásának hidrogénhíd-kötésű rendszerek Me-Todd CNDO / BU. Azt találtuk, hogy összehasonlítva a módszerek CNDO / 2 és OST-GHF ad sokkal pontosabb eredményt, ha dis-pár az energia hidrogénkötések. Ez különösen jól illusztrálja az erős hidrogén kötések feltöltött rendszerek (táblázat. 1.13), a pontosság kapott körülbelül ugyanaz, mint egy nem-empirikus számításokat 4-31GF bázis [65]. Azonban CNDO / BU módszer szignifikánsan csökkenti a hidrogénkötés hosszúságának (egy kicsit több, mint a módszerek CNDO / 2 és az OCT-GHF) ad fájdalom-Chiyah kiszámításával kapcsolatos hibákat termokémiai paraméterek organi-idézésben vegyületek. Ezért a módszer CNDO / BU, valamint eljárások CNDO / 2 és Ost-GHF aligha célszerű használni mennyiségi oldatot alkalmazott problémák.
Ahhoz, hogy elemezzük a reaktivitás szerves és bio-organikus hidrogénhíd-kötésű rendszereket igényel egy módszert, amely lehetővé tenné, hogy egyszerre kiszámítják termohimiches Kie paraméterek molekulák és átmeneti állapotok és paramétereit rendszerek hidrogénkötések. Jelenleg ezeket a Thr-Ments kielégíteni módszerek MCHPDP / 3H és IPOA / N [66 -71], amelyek módosított változatai általánosan ismert módszerek MCHPDP-TION / 3 és IPOA. A fő hátránya a módszerek MCHPDP / 3 és IPOA az, hogy nem lehet Execu-A hívás a tanulmány a hidrogénhíd-kötésű rendszerek, bár az utolsó-készlet nagyon gyakran tapasztalt gyakorlati problémák megoldására, CCA-sen, ha van dolgunk egy bio-szerves vegyületek. A módszerek MCHPDP / 3H és IPOA / N ez a hátrány megszűnik annak következtében, hogy a nem-módosított, nagy számú empirikus képletek, amelyek becsléséhez használt mátrix elemeit. Amellett, hogy e két módszer paraméter számításához a rendszerek hidrogénkötések AM1 módszert lehet használni, de ez észrevehetően rosszabb pontosságot módszer IPOA / H.
Ab initio számításokat a hidrogénhíd-kötésű rendszerek jelenleg leggyakrabban végezzük vegyérték-split bázisok (általában 3-21GF vagy 4-31GF). A választás azért van szükség, hogy kompromisszumot kössön pont-ség számítás és a számítógépes időt költségeket. Számítások Ezekben az alapanyagokban kissé eltúlozzák a képződési energiája hidrogénkötések con-alábecsüljék hossza (távolság van a heteroatomok között), valamint az, hogy jelentősen túlbecsülik stabilitását ciklusos szerkezetek hidrogénkötések. Így, ha bázisok 3-21GF 4-31GF és egy ciklusos dimert kapunk stabil víz vonal [65].
Ciklikus anion komplex szerkezet stabil víz vonal [72]
stb Bár kísérletileg ismert, hogy a lineáris szerkezetek stabilabb. Rátérve alapján polarizációs pályák kiküszöböli ezeket a hátrányokat [73]. Így, azt látjuk, hogy segítségével ab initio módszerek számítások a hidrogénhíd-kötésű rendszerek, kívánatos, hogy végezzen a bázisokat polarizált pályák, azaz Execu-hívás alapján 6-31GF 6-31GF * vagy **, hanem az, hogy ez gyakorlatilag nagyon nehéz, mivel a rendszer a hidrogénkötések, amelyek érdekesek a Szerves Kémia és Biokémia, tipikusan nagy méretei és azok tulajdonságait nem modellezhető egyszerű rendszerek álló kis molekulák.
Táblázat. 1,14-1,16 képest eredményeként kvantumkémiai számítási paraméterek rendszerek hidrogénkötések módszerekkel CNDO / 2 IPOA / H és 4-31GF. Ezekből az adatokból nyilvánvaló, hogy meto-sorok IPOA / H és 4-31GF körülbelül ugyanazt, az eredmények Tata. Meg kell jegyezni azonban, hogy az eljárás IPOA / H eltérően 4-31GF helyesen közvetíti a relatív stabilitás-lineáris és gyűrűs rendszerek hidrogénkötések. Módszer CNDO / 2 jelentősen rosszabb, mint a pontosság módszerek IPOA / H és 4-31GF.
Hidrogén kötési energia (kJ / mól) [70]
* Az adatok a legstabilabb lineáris szerkezet.
Az alkalmazások megoldásánál a rendszerek esetében egy hidrogén-TION kötések gyakran kiszámításához szükséges a PES szakaszt proton transzfer reakciók közötti heteroatomot tartalmaz, mivel ezeket a folyamatokat kíséri számos szerves és bioorganiche-paraméter válaszokat. részben a PES számítása proton transzfer viszonylag könnyen kivitelezhető, de figyelembe kell venni az erős függését az eredményeket a hidrogénkötés hosszúságának. Így a B-STEM H2 O. OH és H2 O. H3 O + O. On kisebb távolságok 0,25 nm a PES részén fordul csak egy minimális, hogy a korom-os állás proton helyzetben félúton atomok savanyú jellegű. A nagyobb távolságra O. körülbelül 0,25 nm a PES rész lesz két minimumot megfelelő helyzetben egy proton, vagy egy oxigénatomot, vagy a másik. Potenciális bar-er közötti minimumok nagyon gyorsan növekszik a távolság növelésével az oxigén atomok, [64, 74, 75]. Az RA-papír [64] azt mutatja, hogy közben a proton transzfer távolságot O. O kissé csökken, míg a proton átvitelt aktivációs gát csökkenni fog. Tekintsük példaként a számítási eredmények módszerekkel IPOA / H és 4-31GF szekcionált PES egyidejű átadása két proton a ciklusos dimer MU-ravinoy sav.
A számított távolság (nm) közötti geteroatomamn (X-Y) (a hossza a hidrogénkötések), [70]
az elektronsűrűség transzfer X Y-H a hidrogén kötések kialakulását U-N. X (elektron töltése egységek) [70]
A atomközi távolságok (nm) hangyasavat és dimer átmeneti állapot reakciót szinkrón adatátvitel két proton [69]
Az olvasó ellenőrizheti e fejezet anyag kvantumkémiai számítások lehetővé teszik, így sok hasznos információt a reaktivitás szerve-idézésben vegyületek az érdeke, hogy spetsiali-ists terén finom vegyszerek és fizikai orga-nikai kémia. Ez elsősorban olyan módon, hogy a reakció index-ség. Egyes esetekben ezek lehetővé teszik, hogy meghatározza az irányt a reakció, és néha ki a végterméket. Bo Lee részleteket a reakció mechanizmusának lehet beszerezni alapján számítások hőhatás és aktiválási energiákat.
Számítások indexek reaktivitás általában végezzük luempiricheskimi módszerek (a leggyakrabban használt módszer CNDO / 2), ahol vagy alkalmazott geometria kísérletileg kapott kísérleteket vagy azt sugallják, hogy az összes atomközi távolságok és szögek egyenlő az alapértelmezett értékeket. Kiszámításakor a szükséges termodinamikai paraméterek az optimális geometria megfelelő minimális a teljes energia. Számítások egy geometriai optimalizálást előnyösen eljárásokkal végezzük IPOA 3-21 vagy GF. Ezek a módszerek lehetővé teszik, hogy kiszámítja a geometria, mint stabil-TION vegyületek és rövid életű intermedierek és átmeneti állapot-CIÓ. Pontosabb értékeket termodinamikai para-méter néha elég elvégezni a számítást a fix geo-méter 6-31GF alapon. Ahhoz, hogy megbízhatóbb eredmények-nek tartalmaznia kell az alapjául orbitális polarizáció egyáltalán az atomok, és vegye figyelembe a korrelációs energia. A gyakorlatban azonban meg lehet csinálni csak a rendszerek, amelyek egy kis számú atomot. Azoknál a vegyületeknél, amelyek érdekesek a bioorganikus és a szerves kémia, szükséges, hogy korlátozza a módszert Ras párban IPOA. Ebben az esetben meg kell először kis modell rendszerek rendelkezésre álló adatok szerint a jó ab initio számítások, ellenőrizze, hogy a IPOA módszer erre az osztályra reakciók helyes eredményt.