Assassin vallási testvére, telek
40 éves Ezio Auditor da Firenze a rend hierarchiájának tetejére emelkedett a Assassin's Creed II játék eseményeinek vége után. Az apja és testvérei gyilkosaival megbosszulva elhagyta Rómát, és élvezte az életét a villájában. A játék 1499-ben kezdődik, amikor Ezio a Minerva-val folytatott beszélgetést követően a nagybácsi Mario Auditorral elhagyta Rómát. Ezután a toszkán város, ahol volt egy villa Auditore - Monteriggioni (Monteriggioni) ostromolta egy hatalmas sereg a pápai állam által megerősített francia csapatok. A fiút Rodrigo - Cesare Borgia nyerte. Borgia fegyverei elpusztítják a várost, és Cesare, Ezio előtt, megöli Mario bácsit. Miután Monteriggioni túlélő lakóit a katakombákon kísérte, Ezio úgy dönt, hogy bosszút áll Caesaron, és Rómába megy. Úton haladva Ezio elveszti az eszméletét, mert a csatában a vállán lőtték.
Játék akció átadásra 1500, ahol Ezio kénytelen megszervezni és fejlődni kezd „földalatti” (amely magában foglalja a római tolvajok, zsoldosok, kurtizánok, majd és újoncok, Assassins), amikor elkezdi felújítani a Rend, melynek vezetője volt hivatalosan Niccolo Machiavelli, aki, miután Ezio címet adta. A játék során Ezio próbál találni a gyilkosokat rokonaik, és bosszút rajtuk, valamint a visszatérés Róma egykori béke, a rend és a jólét.
A jövőben Desmond, Lucy, Sean és Rebecca érkeznek Monteriggioniba. Azt, hogy egy menedéket a Sanctuary alatt Villa Auditore, hogy a templomosok nem voltak képesek felismerni őket, és továbbra is keresni az Apple of Eden, hogy állítsa le a közelgő katasztrófát.
Ezio maga segítségével Bartolomeo, La Volpe és Claudia megtudja, hogy az Apple az Éden jelöltek, hogy tanulmányozza a tudós, Caterina Sforza van Angyalvár a jövő héten, és Cesare a várat a pápa. Ezen kívül La Volpe beszámol arról, hogy Machiavelli áruló, és még találkozik a Borgia katonáival. De Machiavellinek bízva, Ezio megkéri a La Volpe-t, nehogy elhamarkodott következtetéseket vonjon le. Miután Ezio belép a kastélyba, és megmenti Catherine-t, de nem sikerül Cesare-hez menni. Végül Ezio úgy dönt, hogy újra létrehozza az Assassin Brotherhood-t. Ugyanezen este Ezio, Leonardo da Vinci találkozik, miután Leonardo újra létrehozza az Ezio elveszett fegyvereit. Kiderült, hogy a tudósok, akik az almát adták, maga Leonardo, de Rodrigo vette. Da Vinci is beszámol minden tervről és épületéről Cesare seregének, amit Ezionak el kell pusztítania.
Segítségével egy szenátor, aki meglátogatja Maria bordélyházát, Ezio felfedezi, ahol Juan Borgia bíboros, ő is bankár. Halálával Cesare elveszítette pénzét a háborúért. Aztán Ezio és Bartolomeo belépnek a francia táborba, és megölik De Valois bárót. Végül Ezio megmenti a színész Pietro életét, aki titokban Cesare találkozik Lucretia-val. Tudjon meg Cesare megrendelt Mikiletto mérgezni, Ezio semlegesíti Mikiletto, de nem öli meg, és mentse a színész, és cserébe megkapja a kulcsot a hátsó ajtón a Angyalvár. Ugyanebben az estén Ezio találkozik egy tolvajjal, aki jobb szemével kötődött, aki részt vett a Monteriggioni csatában. Kiderül, hogy az áruló ő, nem Machiavelli. Ezio megöli az árulót, és megtalálja a La Volpe-ot, aki majdnem meg fogja ölni Machiavellit, és beszámol arról, amit megtanult egy levelet küldött a tolvajból.
Miután a várat, Ezio úgy dönt, hogy megöli Cesare, de rájött, hogy Rodrigo akarta mérgezni, és megöli a kínzás megtanulja a helyét az Apple Lucretia. Lucretia, aki bosszút akar venni Cesarén, elmondja Ezio-nak, ahol Yabloko. Ezio Cesare előtt áll, és megtalálja Yabloko-ot, úgy dönt, egyszer és mindenkorra befejezi Cesare-t. Először Rómában elpusztítja Cesare összes csapatait, majd felkavarja Cesare találkozását a bíborosokkal, hogy ne kérjen segítséget tőlük. Végül egy évvel később Ezio állandóan megszabadul Caesaról, amikor katonák letartóztatják az árulást és a gyilkosságot.