Szekvenálása A humán genom
Szekvenálása a humán genomban. A stratégia a sorrendiség a humán genomban. Ujjlenyomat-klón.
A „tervezet” kifejezés elsősorban az a tény, hogy a szekvenálás nem folytonos - vannak hiányosságok.
Mivel ezek a rések elég sok, lehetetlen, hogy gondoskodjon annak érdekében, és tájékozódni a sok kis szekvenált érdekében.
Hiányossága szekvenálás. Természetesen, míg a problémát felvető azonosításához örökletes betegség gének egyedi gének és más genetikai szerkezetében.
Meg kell jegyezni, hogy az elmúlt negyedévben a XX században. Mi szekvenáltuk a genom 599 vírus és viroidokat, plazmidok 205, 185 organellumok, 31 eubaktériumok gombafaj 1, 2 állat és számos más genomok. A szerzett tapasztalatok eredményeként ezt a munkát teljes egészében felhasználható a szekvenálása a humán genomban.
Stratégia szekvenálás a humán genom Nyilvános projekt magában foglalja megszerzése genetikai és fizikai térképek az emberi genom, a későbbi bevezetése ezen kártyák eredményeit szekvenálása az egyes klónok genom DNS (szekvenálás „klón klón” stratégia). Ez a megközelítés szerint a szervezők a program, hogy elkerüljék a hibákat szekvenálás, különösen a következő területeken ismétlődik.
Fizikai térkép a humán genom Szegecselők keret által kifejlesztett Olson vissza 1981-ben a következő megközelítés. Gene szegmensekre vágták, amelyek mindegyike 150.000 bp végzett részleges emésztéssel helyspecifikus endonukleázokkal. Ezek a nagy DNS-szegmenseket helyezünk bakteriális mesterséges kromoszóma (BAC), és bevezetjük a baktériumok, ahol másolja egyes Division baktériumok. Az eredmény azonos volt, olyan DNS molekulák klónjait.
Ilyen klónok amely a humán genom, kell kb 20, 000. Mindegyik klónt teljesen megemésztjük restrikciós endonukleázzal választjuk meg, hogy a jellegzetes mintát a kis fragmensek vagy ujjlenyomat klón.
Összehasonlítása mintázatú restrikciós helyeket lehetővé teszi, hogy észleli, hogy az átfedés klónok, amelyek lehetővé tették, hogy megállapítsák a relatív pozíciók és építeni a sorrendben. Továbbá megállapítására az, hogy a használt klónok korábban kifejlesztett térképek STS (cm. Fent). Az eredmény egy olyan fizikai térképét a genomban.
Az egyes BAC klónokat darabokra vágjuk és klónoztak. A kapott klónozott fragmentumokat szubklónokat. Minden alkalommal, amikor a második venirovali nagyszámú azonos szubklónok lenni abban, hogy minden darab az eredeti BAC elemezték, és többször nem szabad hibákat.
Szekvenálása egyedi fragmensek egyesítjük annak érdekében, hogy egy nukleotid szekvencia, az egyes forrás BAC klón. Végül, az egész genom szekvenálása csapadékot SAC vegyület szekvenciákat, amely az egész genomot.
Így létrehozott egy térképet az emberi genom szekvenálása 1000 rések. Ez lehet az oka, hogy több okból, különösen arra a tényre, hogy az eredeti BAC klónok, amely az egész genomot, valamint az átfedés az klónokat miatt hiányzik a jelenléte nagy ismétlődések a genomban. Létre, a projekt eredményeként szekvenálás térkép tartalmaz szekvenciákat tartalmazó átlagosan néhány millió bázispár hosszúságú.
A szegmensek egy ilyen hosszúságú elegendő ahhoz, hogy térképén alapul klónok ró más térképeken kisebb felbontással. Erre a FISH-hibridizációs in situ BAC klónok használtunk. A pozíció a genetikai térképen a szekvenált definiálva van, mint egy viszonylag leképezett STS.
Általában, szekvenáltuk, és összeszereljük a számítógépes programok segítségével a szakaszokon mintegy 90% eukromatin régiók a genom. Szakaszban azonban lehet tekinteni a szekvenáláshoz csak mintegy 1/4 a genom, amelyben minden egyes pár bázisok szekvenált átlagosan 8-10 alkalommal (feltételezzük, hogy ez a szám az ismétlések minden egyes nukleotid szekvenáló akkor lehet elérni a végső szekvenálás a teljes humán genom). Annak ellenére, hogy a hiányos szekvenálás, a kapott szám segítségével az eredmények most nagy érdeklődés. Ez elsősorban a mélyülő globális elképzelések a szervezet a humán genomban.